蛋白質分離器又稱為蛋白質除沫器，蛋白質分餾器，泡沫分餾器等。蛋白質分離器利用水中的氣泡，可以吸附混雜在水中的各種顆粒狀的污垢以及可溶性的有機物。蛋白質分離器有三種：逆流式、壓力式和氣舉式（已基本淘汰）。同時蛋白質分離器又可依照用途可分為海水蛋白質分離器和淡水蛋白質分離器。

蛋白質分離器由接觸室、充氣裝置、集污室、進排水、排污、臭氧加注、液位調整、沖洗裝置等部分構成。蛋白質分離器在工作過程中，是利用氣泡表面張力吸附的功能來對有機物進行分離和濃縮，繼而將通過氣浮的方式來脫除水中懸浮的蛋白質、食物殘留和糞便、纖維素等有機物。研究表明，在此過程中主要脫除的化學物質有蛋白質、氨化物、磷酸鹽、脂肪酸、銅鋅金屬類、油脂等。

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